Am Anfang steht eine gemeinsame Kreuzfahrt, die selbstverständlich nicht so friedlich verläuft, wie es Dave gerne hätte. Nachdem Alvin und die Chipmunks das Kreuzfahrtschiff unsicher gemacht haben, kommt es zum Chipbruch und die kleinen Unruhestifter gehen über Bord. Während Dave versucht, seine verloren gegangenen Schützlinge wiederzufinden, fühlen sich die kleinen Nager in ihrem neu entdeckten Inselparadies bereits ganz wie daheim. Nicht zueltzt dank der eigenwilligen Inselbewohnerin Zoe, die die Neuankömmlinge in die Geheimnisse der Insel einweiht…